1988年1月，广东实行市管县体制，梅县地区改为梅州市；3月，梅县市建置撤销，原梅县市的行政区分设为梅县和县级梅江区，梅江区由原梅县市城区5个办事处（金山、东山、黄塘、五洲、江南）和城郊5个乡镇（城北、东郊、西郊乡和长沙、三角镇）组建而成，为梅州市直辖县级区，治所在梅城江北仲元东路51号。

　　1989年，黄塘办事处因城区有上黄塘、下黄塘、黄塘居委等名称，容易混淆，经省政府批准，将黄塘办事处改名城西办事处。

　　1998年，按省政府规定，理顺农村基层管理体制，撤销管理区办事处，设立村民委员会。全区60个管理区办事处改设60个村民委员会。

　　1999年，经省政府批准，撤销城北乡、东郊乡、西郊乡建置，设立城北镇、东郊镇、西郊镇。

　　2002年7月，经省政府批准，梅江区部分镇、办事处行政区划进行调整。撤销东山街道办事处、东郊镇将其行政区域并入金山街道办事处，撤销西郊镇、城西街道办事处，设立西郊街道办事处，撤销五洲街道办事处，将其行政区域并入城北镇。调整后，梅江区辖长沙、三角和城北3个镇和金山、西郊、江南3个街道办事处，下辖54个村民委员会和38个社区居民委员会。

　　2012年9月23日，经省人民政府同意，省民政厅印发《广东省民政厅关于同意梅县西阳镇划归梅州市梅江区管辖的批复》，同意梅县西阳镇划归梅州市梅江区管辖。调整后，梅江区辖长沙、三角、城北、西阳4个镇和金山、西郊、江南3个街道，下辖81个村民委员会和45个社区居民委员会。

　　2018年9月金山街道新设群福社区，三角镇新设同心社区。设立后，梅江区辖长沙、三角、城北、西阳4个镇和金山、西郊、江南3个街道，下辖81个村民委员会和47个社区居民委员会。

　　2019年11月三角镇新设龙东社区。设立后，梅江区辖长沙、三角、城北、西阳4个镇和金山、西郊、江南3个街道，下辖81个村民委员会和48个社区居民委员会。

　　2022年12月三角镇新设利园社区，西郊街道新设瑞兴社区。设立后，梅江区辖长沙、三角、城北、西阳4个镇和金山、西郊、江南3个街道，下辖81个村民委员会和50个社区居民委员会。